Obronne z natury miejsce z czasem zabudowano i otoczono potężnymi fortyfikacjami. Świadectwem jego najdawniejszych dziejów jest przedromańska rotunda Najświętszej Maryi Panny (św. św. Feliksa i Adaukta). Przez kilka wieków zamek na Wawelu był siedzibą władców z dynastii Piastów i Jagiellonów, a także pierwszych królów elekcyjnych. Choć pod koniec XVI w. Zygmunt III Waza przeniósł się wraz z dworem do Warszawy, ranga Wawelu nie spadła, a tutejsza katedra pozostała miejscem koronacji i pochówków większości kolejnych królów polskich.

Wawel – wzgórze nad Wisłą górujące nad wodami i mokradłami było bezpiecznym miejscem dla ludzi osiedlających się tu od epoki paleolitu.
Wawel – wapienna skała jurajska dominująca w panoramie Krakowa (około 228 m n.p.m.), uformowała się około 150 milionów lat temu. Zapewne od VII stulecia n.e. byli to Słowianie. Wczesnośredniowieczne legendy mówią o zamieszkującym wawelską jaskinię strasznym smoku, o jego pogromcy Kraku i córce tegoż Wandzie, która rzuciła się do Wisły, nie chcąc poślubić niemieckiego rycerza.

U schyłku pierwszego tysiąclecia Wawel zaczął odgrywać rolę ośrodka władzy politycznej. W wieku IX był głównym grodem plemienia Wiślan. Pierwszy historyczny władca Polski, Mieszko I z rodu Piastów (około 965–992), jak również jego następcy: Bolesław Chrobry (992–1025) i Mieszko II (1025–1034), obrali go na jedną ze swych siedzib. W tym okresie Wawel należał do najważniejszych polskich ośrodków chrześcijaństwa. Na wzgórzu pojawiły się pierwsze przedromańskie i romańskie budowle sakralne, wśród nich, po utworzeniu w roku 1000 biskupstwa krakowskiego, kamienna katedra. Znaczącym ośrodkiem polityczno-administracyjnym państwa stał się Wawel za panowania Kazimierza Odnowiciela (1034–1058). Jego syn Bolesław Szczodry (1058–1079) rozpoczął budowę drugiej z kolei romańskiej katedry, którą ukończył dopiero Bolesław Krzywousty (1102–1138). Władca ten w testamencie z roku 1138 podzielił Polskę na dzielnice, wyznaczając Kraków na siedzibę księcia-seniora. W roku 1291 Kraków z Wawelem przeszedł okresowo pod czeskie panowanie, a Wacław II z rodu Przemyślidów koronował się w gnieźnieńskiej katedrze na króla.

W roku 1306 wkroczył na Wawel książę kujawski Władysław Łokietek (1306–1333), który w roku 1320 koronował się w krakowskiej katedrze. Była to pierwsza odnotowana w źródłach koronacja polskiego władcy na wawelskim wzgórzu. W tym czasie za sprawą Łokietka rozpoczęto budowę gotyckiej, trzeciej w tym miejscu świątyni katedralnej, rozbudowano zamek, drewniano-ziemne fortyfikacje zastąpiono murowanymi. Grób Łokietka w katedrze zapoczątkował krakowską nekropolię polskich władców. Ostatni z rodu Piastów, Kazimierz Wielki (1333–1370), doprowadził Wawel do niebywałej świetności. W rozbudowanym gotyckim zamku miały miejsce w roku 1364 zaślubiny wnuczki króla Kazimierza Elżbiety z cesarzem Karolem IV. Z tej okazji odbył się słynny zjazd królów i książąt, podejmowanych następnie przez zamożnego mieszczanina Wierzynka.

Wprowadzenie na tron w roku 1385 Jadwigi z rodu węgierskich Andegawenów i jej małżeństwo z księciem litewskim Władysławem Jagiełłą (1386–1434) zapoczątkowały kolejny okres świetności Wawelu. Na dworze królewskim obok miejscowych i zachodnioeuropejskich artystów zatrudniano także malarzy ruskich. Za panowania Kazimierza Jagiellończyka (1447–1492) sylwetę wzgórza wzbogaciły m.in. wysokie ceglane baszty: Złodziejska, Sandomierska i Senatorska. Na ówczesnym dworze działali pierwsi w Polsce humaniści, nauczyciele królewskich synów: historyk Jan Długosz i Włoch Filip Kallimach.

Renesans w wersji włoskiej wkroczył na Wawel na początku XVI stulecia. Król Aleksander (1501–1506) i jego brat Zygmunt I Stary (1506–1548) wznieśli na miejscu gotyckiej rezydencji nowy pałac, ukończony około roku 1540, imponujący rozległym dziedzińcem z kolumnowymi arkadami. Mecenat artystyczny Zygmunta zaznaczył się trwale również w katedrze, poprzez wzniesienie rodowej kaplicy zwanej dziś Zygmuntowską autorstwa florentczyka Bartłomieja Berrecciego oraz dzięki licznym fundacjom, w tym wielkiego dzwonu na cześć króla nazwanego „Zygmuntem”. Ścisłe kontakty artystyczne i kulturalne z Włochami umocniło zawarte w roku 1518 małżeństwo króla z księżniczką Boną z rodu Sforzów. Obok artystów włoskich dla Zygmunta pracowali również niemieccy architekci, snycerze, malarze i odlewnicy. Ostatni z Jagiellonów, Zygmunt II August (1548–1572), wzbogacił wnętrza zamkowe o znakomitą kolekcję arrasów utkanych w Brukseli. W „złotym” okresie kultury polskiej Wawel stał się jednym z głównych w Europie ośrodków humanizmu. Dla dziejów wzgórza istotne znaczenie miało panowanie Zygmunta III Wazy (1587–1632), za którego sprawą po pożarze zamku w roku 1595 odnowiono spalone skrzydło budowli w stylu wczesnobarokowym. Przeniesienie się dworu monarszego do Warszawy spowodowało powolne, lecz stałe pogarszanie się kondycji zamku. Monarchowie przebywali w Krakowie tylko okazjonalnie. Zaniedbaniom próbowano zaradzić, podejmując naprawy za czasów Jana III Sobieskiego, Wettinów oraz Stanisława Augusta.

Po utracie niepodległości przez Polskę w roku 1795 wojska państw zaborczych: Rosji, Prus i Austrii kolejno okupowały Wawel, który ostatecznie przeszedł w ręce Austriaków. Nowi gospodarze zamienili zamek i część innych zabudowań świeckich na lazaret wojskowy, a niektóre budynki, w tym także kościoły, wyburzyli. Po okresie Wolnego Miasta Krakowa (1815–1846) wojsko austriackie ponownie zajęło wzgórze wawelskie, przekształcając je w panującą nad miastem cytadelę. W roku 1880 uchwałą Sejmu Galicyjskiego zamek ofiarowano na rezydencję cesarzowi Franciszkowi Józefowi I; armia austriacka opuściła Wawel w latach 1905-1911. Na przełomie XIX i XX stulecia przeprowadzono gruntowną restaurację katedry, a nieco później rozpoczęto wieloletnią, trwającą kilka dziesięcioleci konserwację zamku królewskiego.

W odrodzonej w roku 1918 Polsce zamek pełnił funkcję reprezentacyjnej rezydencji głowy państwa oraz muzeum wnętrz historycznych. W okresie niemieckiej okupacji na Wawelu mieszkał hitlerowski gubernator generalny Hans Frank. Po wojnie gospodarzami wzgórza stały się instytucje: Państwowe Zbiory Sztuki na Wawelu (od 1994 Zamek Królewski na Wawelu – Państwowe Zbiory Sztuki), Kierownictwo Odnowienia Zamku Królewskiego na Wawelu (do 1985) oraz Zarząd Bazyliki Metropolitalnej na Wawelu.

Dzieje rezydencji monarszej

Siedziba książęca na wzgórzu stanowiła tzw. zamek wyższy, w zamku niższym powstało miasteczko z domami dworzan, duchownych i innymi kościołami.
Początki wawelskiej rezydencji polskich władców wiążą się z kamienną wczesnoromańską budowlą zwaną palatium z około połowy wieku XI, której relikty zachowały się w północnym skrzydle obecnego zamku. Z czasem siedzibę książęcą na wzgórzu rozbudowano w kierunku wschodnim. Wraz z katedrą stanowiła ona tzw. zamek wyższy (w zamku niższym powstało miasteczko z domami dworzan, duchownych i innymi kościołami). W wieku XIV siedzibę władcy znacznie rozbudował król Władysław Łokietek, a jego syn Kazimierz Wielki stworzył imponującą gotycką rezydencję, składającą się z kilku budynków skupionych wokół nieregularnego dziedzińca we wschodniej części wzgórza. Za czasów Władysława Jagiełły, na przełomie XIV i XV stulecia, powiększono zamek o pawilon gotycki zwany wieżą Duńską i w tej postaci budowla przetrwała do pożaru w roku 1499. Około roku 1504 król Aleksander Jagiellończyk przystąpił do przebudowy rezydencji, nadając jej kształt renesansowy. W tym celu zatrudnił niemieckiego architekta Eberharda Rosenbergera z Koblencji oraz włoskiego rzeźbiarza i architekta Franciszka zwanego Florentczykiem. Dzieło kontynuował od roku 1507 Zygmunt I zwany Starym. Mistrz Franciszek, autor ozdobnego kamiennego wykusza w skrzydle zachodnim, przed swą śmiercią w roku 1516 wzniósł skrzydło wschodnie i rozpoczął budowę krużganków. Dalszymi pracami kierowali kolejno: mistrz Benedykt, słynny Bartłomiej Berrecci (twórca kaplicy Zygmuntowskiej przy katedrze), a po jego śmierci w roku 1537 Mikołaj Castiglione i Mateusz Włoch. Przy dekoracji wnętrz pracowali rzeźbiarze, snycerze – budowniczowie drewnianych stropów: Sebastian Tauerbach i Hans Snycerz, oraz malarze, którzy zdobili ściany podstropowymi fryzami i tworzyli królewskie portrety. Salom i komnatom zamkowym przydały splendoru zakupione przez Zygmunta II Augusta wspaniałe flamandzkie arrasy.

Zachowana do dziś renesansowa budowla z pięknym arkadowym dziedzińcem, imponująca rozmachem założenia, przestrzennością jasno oświetlonych wnętrz i wspaniałością nie znaną dotąd na polskich ziemiach, dzięki zastosowaniu form architektonicznych wywodzących się ze sztuki antycznej spowodowała przełom w rozwoju architektury w Polsce. W wieku XVI zamek był głównym miejscem posiedzeń sejmu i senatu.

W następstwie pożaru w roku 1595 części północnego skrzydła zamku Zygmunt III Waza odnowił je w stylu wczesnobarokowym, zatrudniając artystów włoskich: architekta Jana Trevano i malarza Tomasza Dolabellę. Od czasu, gdy około roku 1610 dwór królewski osiadł w Warszawie, monarchowie bywali na Wawelu tylko okresowo, głównie z okazji urządzanych z wielką paradą ślubów, koronacji i pogrzebów. W roku 1702 podczas okupacji Wawelu przez Szwedów rezydencja uległa ponownie groźnemu pożarowi. Odnawiana w późniejszych okresach, nie osiągnęła już nigdy pierwotnej wspaniałości.

Po utracie przez Polskę niepodległości zamek w roku 1796 zajęli Austriacy, dostosowując go do potrzeb wojskowego garnizonu. Z początkiem XIX stulecia w ramach prac adaptacyjnych zamurowano krużganki. Po oddaniu Wawelu Polakom i opuszczeniu w roku 1911 wzgórza przez okupującą je armię austriacką przystąpiono do wieloletniej odnowy królewskiej siedziby, przywracając jej w dużym stopniu pierwotny wygląd. Z początku akcją kierował architekt Zygmunt Hendel, od roku 1916 do drugiej wojny światowej Adolf Szyszko-Bohusz, później zaś głównie Alfred Majewski. Ponowną gruntowną konserwację zamku przeprowadzono w ostatniej dekadzie minionego stulecia.
Zaczątkiem zamkowych zbiorów muzealnych było wielkie płótno Hołd pruski Jana Matejki przekazane przez artystę na Wawel w roku 1882 (obecnie depozyt w Muzeum Narodowym w Krakowie). Eksponaty do urządzanego w odnawianych wnętrzach muzeum gromadzono drogą rewindykacji, zakupów, darów i zapisów testamentowych, a trzonem ekspozycji stały się arrasy Zygmunta Augusta rewindykowane z Rosji po roku 1921 na mocy traktatu ryskiego. Krótko po wybuchu drugiej wojny światowej cenniejsze eksponaty, w tym arrasy i miecz koronacyjny Szczerbiec, Polacy zdążyli wywieźć do Kanady, skąd powróciły dopiero w latach 1959–1961. Urządzono wtedy cztery stałe ekspozycje, systematycznie powiększane o nowe obiekty. W roku 1994 muzeum wzbogaciło się o cenną kolekcję obrazów włoskich z daru Karoliny Lanckorońskiej.